O exame é realizado através de um endoscópio chamado colonoscópio. O aparelho passa pelo reto e pelo intestino grosso, até chegar na porção distal do íleo, ou seja, a parte final do intestino delgado. Esse colonoscópio possui uma câmera na ponta, que mostra o interior do órgão em uma TV, onde o médico pode examinar o estado das paredes intestinais.

Em geral, o exame é realizado sob sedação e anestesia local. Assim, assegura-se de que o paciente não sinta desconfortos durante o processo, além de torná-lo mais colaborativo. Trata-se de um procedimento seguro que não necessita internamento, na maioria dos casos.